Logiciels

Cette section contient plusieurs liens vers les ressources informatiques libres pouvant être appliquées à la biologie, les statistiques ou à des manipulations informatiques.

Analyses statistiques 

Logo_RLogiciel incontournable, R propose à son utilisateur un langage et un environnement logiciel open source permettant de réaliser des calculs statistiques et graphiques. Un de ces grands avantages est la possibilité d’installer de nombreux packages.


Logo_ScilabScilab est un logiciel open source gratuit de calcul numérique qui fournit un puissant environnement de développement pour les applications scientifiques et l’ingénierie. Il est l’équivalent open source de Matlab.

 

Bibliographie

Logo_zoteroZotero est un logiciel de gestion de références gratuit, libre et open source. Il permet de gérer des données bibliographiques et des documents de recherche (il peut s’intégrer à Firefox).

 

Interfaces et éditeurs de texte

Logo_RstudioRstudio permet d’installer une interface d’utilisateur puissance et productive pour le logiciel R. Il fonctionne très bien sur Windows, Mac et Linux.


Logo_tinnRTinn-R est un éditeur de remplacement pour R permettant de surligner facilement les fonctions et ainsi limiter les erreurs de syntaxes.


Logo_notepad++Notepad++ est un éditeur de code source qui prend en charge plusieurs langages.

 

Suites bureautiques

libreoffice_logoLibreOffice est une suite bureautique libre et gratuite, dérivée du projet OpenOffice.org, créée et gérée par The Document Foundation.


Openoffice_logoCette suite bureautique comporte tous les outils nécessaires à la plupart des utilisateurs : traitement de texte, tableur, présentation, base de données.

 

Gestion bases de données

sqlDeveloper_logoSQL Developer est un environnement de développement intégré fourni gratuitement par Oracle Corporation. Il permet d’interroger des bases de données Oracle à l’aide du langage SQL.

 

Logiciels PAO (Publication Assistée par Ordinateur)

La PAO consiste à fabriquer des documents destinés à l’impression à l’aide d’un ordinateur. Les deux logiciels leader du marché (et malheureusement payants) sont QuarkXPress et Adobe Indesign. Depuis peu, il existe un logiciel libre dénommé Scribus, mais ne l’ayant pas testé je ne peux que vous envoyer sur son site. Par contre, il existe un système de composition de documents ayant son propre langage, le LaTeX. Avec un peu pratique, ce langage permet d’obtenir des documents mis en page de façon professionnelle sans avoir à se soucier de leur forme (la priorité est donnée à l’essentiel : le contenu). Concrètement, vous aurez besoin de 3 éléments pour pouvoir créer un document : un distributeur LaTeX (qui va transformer votre votre code en un document PDF ou PostScript), un lecteur de PostScript ou de PDF afin de lire et imprimer vos productions, et un éditeur LaTeX (un logiciel permettant de taper votre texte, pas indispensable mais très pratique). Je vous invite à lire ce document « Rédigez des documents de qualité avec LaTeX « , issu du Site du Zéro, qui vous permettra d’avoir une idée de se langage et de sa puissance. Vous trouverez ci dessous les noms de logiciels qui vous permettront d’utiliser LaTeX sur votre ordinateur (sous Windows).

Miktex_logoMiKTeX est une distribution TeX libre pour Windows visant à fournir un environnement TeX/LaTeX complet et prêt à utiliser.


Ghostscript_logoGPL Ghostscript est une suite logicielle permettant le traitement des formats de fichiers PostScript et PDF.


Acrobat_logoVéritable référence, le logiciel gratuit Adobe Reader permet de visualiser, d’imprimer et d’annoter des documents PDF de manière fiable.


TEXnicCenter_logoTeXnicCenter est un logiciel libre qui permet à l’utilisateur d’éditer un document LaTeX et de le compiler dans les formats PDF, DVI ou PS.

 

Créations graphiques 

Logo_GIMPGIMP est un programme de créations graphiques et de retouches photos très puissant. Il comporte l’ensemble des outils nécessaires à la création de dessins et à l’amélioration d’un cliché.

 

Divers

Logo_vlcVLC est un lecteur multimédia gratuit et libre capable de lire la plupart des fichiers multimédias ainsi que les DVD, Cd audio, VCD et divers protocoles de streaming.


Logo_winrarWinrar est un logiciel emblématique permettant de compresser/décompresser une multitudes de formats (ZIP, RAR, ISO, …).


ccleaner_logoDisponible en version gratuite, CCleaner est destiné à optimiser et à nettoyer votre système, en retirent notamment les fichiers inutilisés de vos disques durs et les entrées dans le registre.